Ενδεικτική για την οικονομική κατάσταση της ΕΠΟ είναι η έκθεση της Επιτροπής Ελέγχου και Συμμόρφωσης που αφορά την οικονομική κατάσταση της ομοσπονδίας για τη χρήση του 2020.
Λόγω της πανδημίας υπήρξε μείωση εσόδων της τάξης των 249.379 χιλιάδων ευρώ αλλά και μείωση εξόδων 798.636 χιλιάδων ευρώ. Τα συνολικά έσοδα ήταν 22.828.949 και τα έξοδα 22.278.843.
Η καθαρή θέση της ομοσπονδίας παραμένει αρνητική -11.313.128, ενώ «ασύμμετρη απειλή» αποτελούν τρεις εναντίον της αγωγές συνολικού ύψους 21.700.000 τα αποτελέσματα των οποίων «δεν μπορούν να προβλεφθούν».
Οι δύο αγωγές έχουν γίνει από τις εταιρείες που ήταν προμηθεύτριες για την υπόθεση της «κάρτας υγείας» και η τρίτη έχει γίνει από τον Αχιλλέα Μπέο λόγω του υποβιβασμού του Ολυμπιακού Βόλου το 2011.
